税务部门调研发现，一些企业错误申报，没有及时利用好优惠政策，发票管理不善等是导致企业税负不减反增的主要原因。
2万亿空前减税降费政策下，规范发展的企业普遍税负下降，但也有个别企业税负不降反增，这引起了税务部门高度关注。经过分析，没有用好用足税收优惠政策是导致企业税负不减反增的主因，经过辅导这些企业税负有所下降。
桂林航天电子有限公司财务负责人付波发现，4月1日增值税税率从16%降至13%后，公司税负反而增加了几万元。
税务总局要求各地逐户对税负增加企业开展分析辅导，帮助这些企业找清原因。当地税务部门在4月份税款所属期税负上升的增值税纳税人开展了专项税负调查中，找到了桂林航天电子有限公司税负上升原因：公司补开发票情况较多，申报表填写错误，导致没享受到相关税收优惠政策。
随后，税务人员辅导企业对申报表进行了更正，还专门叮嘱公司财务人员正确申报的注意事项。
“税务人员联系我们，帮助我们查找出原因，现在我们知道如何正确填写申报表和享受对应的优惠政策，这不，5月份我们的税款就下降了114万元，真正享受到了税收优惠。”付波表示。
云南澜沧远大木材加工厂因为税率下降后，财务人员申报纳税时计算错误导致税负不减反增。好在被税务人员注意到，经重新计算企业税负有所下降。
除了财务人员申报错误导致税负虚增，没有用好最新的政策也导致了少数企业税负不减反增。
增值税税率中，16%降至13%，10%降至9%，但生产生活服务业增值税税率6%保持不变。这很可能导致生产生活服务业企业因为进项税减少而税负上升。为了避免这种情况，财税部门明确符合条件的企业可以享受10%进项税加计扣除，通过额外增加进项税来避免税负上升。
现实中，一些生产生活性服务业纳税人并没及时应用上述优惠政策，导致税负有所上升。
重庆微盟电子商务有限公司就是一个典型案例。这家从事电商服务的企业，由于公司购进商品的税率从16%降低到了13%，销项税税率（6%）不变，5月申报时忘记填报加计抵减金额，导致税款相比增加了1173元。
该公司财务徐吉敏说，税务人员帮助我们找到了税负上升的原因。6月我公司按照加计10%的抵减政策，可以抵减4000多元应纳税额。在抵减完本月的应纳税额1798.5元后，6月不仅不用缴增值税，剩下的2000多元还可以在以后抵减。
广东等地税务部门都发现了企业没有及时使用生产生活性服务业加计扣除优惠政策，从而导致税负上升的个案。
据了解，增值税改革实施首月，有一部分纳税人因大量业务发生在4月1日前，按纳税义务发生时间仍可开具16%、10%原税率的销项发票，销项端减税体现尚不明显；但同时，企业4月份已经开始大量接受13%、9%的新税率进项发票，进项端抵扣明显减少，进销项存在时间性差异，出现了阶段性、临时性增税。
税务总局税收科学研究所所长李万甫表示，随着时间的推移，进销项时间性差异逐步消除，预计此类纳税人税负今后将呈下降趋势，更加充分享受减税降费红利。
洛阳恒兴过滤材料有限公司就碰到了上述情况。公司会计浦明芳介绍，2019年4月份公司取得收入31万元，实际缴纳增值税款5491元，经测算增值税税负比改革前有所增加。经税务部门辅导对政策更熟悉后，5月份实际缴纳增值税2421元，税负下降了0.65个百分点。
还有些企业由于上游供应商没有及时开具发票导致公司进项税减少，税负上升。
广东铭雅电子有限公司是一家经营家用电器和数码电子产品批发、零售业务的企业。在对纳税人申报数据进行核实比对的过程中，税务人员发现，该公司2019年4月的增值税税负率较同期增加了5个百分点。
税务人员当即对企业进行了走访调查。原来，深化增值税改革实行后，铭雅公司的主要供货商因对新政策不熟悉、财务系统更新不及时等原因，留存了大量发票未开具，造成铭雅公司未能及时取得进项发票，4月份的进项税额大幅减少，这才导致了税负的短暂性上升。
了解到供货方企业也在中山市内，中山税务人员随即联系供货企业，辅导其及时按规定开具开票。通过辅导，供货企业在5月份顺利开具发票，解决了留存发票开具的问题。
“进项票的问题解决了，我们的税负立竿见影地降了。”铭雅电子财务王女士欣喜地表示，“我们粗略地算了算，4月、5月的平均税负已经降到了3.9%，如果算上手头还有的一些未认证的发票，6月的预测税负大概在2.2%。税款减了、税负降了，真真切切享受到了改革红利。”